Al estallar la Guerra Civil en 1936 fue uno de los principales protagonistas de los sucesos revolucionarios de julio, formando parte del grupo «Nosotros» (sucesores de «Los Solidarios») y de la dirección en la defensa de la ciudad de Barcelona, donde falleció su compañero de toda la vida Francisco Ascaso en los enfrentamientos callejeros con los sublevados. El 20 de julio, ya derrotado el alzamiento en Barcelona y siendo la CNT la dueña de la situación, sobre todo tras apoderarse del parque de Artillería de San Andrés, sus principales dirigentes tuvieron una entrevista con el presidente de la Generalidad catalana, Lluís Companys. En una segunda entrevista al día siguiente, después del pleno de Federaciones locales de la CNT, Durruti junto con otros principales dirigentes de la CNT propusieron nombrar un Comité Central de Milicias Antifascistas de Cataluña, siendo aceptado por las restantes organizaciones. Este comité (formado por libertarios, republicanos, nacionalistas y marxistas) se convirtió en el verdadero poder en Cataluña, ratificando la Generalidad posteriormente lo que se decidía. Cansado de las disputas internas, y el desgaste debido al hecho de encontrarse en una guerra civil, del Comité de Milicias Antifascistas (de la cual era jefe del departamento de transportes), decidió pasar al frente con el bando republicano, empezando por liberar de los sublevados Zaragoza, otro gran núcleo urbano anarquista tras Barcelona. Se formó entonces la famosa columna Durruti, que tomó rumbo a Zaragoza.
A la columna se le negó el suministro de armas, artillería, etcétera, por parte de los agentes comunistas,[cita requerida] por lo que tuvo que limitarse a tomar todos los pueblos por donde pasaba. En ellos los campesinos se veían libres para hacer la revolución: los terratenientes eran expropiados de sus tierras, las cuales eran colectivizadas, se abolía la propiedad privada y se instauraba el comunismo libertario. En noviembre de aquel año marchó a Madrid con su columna a contener la ofensiva de las tropas sublevadas.
A la columna se le negó el suministro de armas, artillería, etcétera, por parte de los agentes comunistas,[cita requerida] por lo que tuvo que limitarse a tomar todos los pueblos por donde pasaba. En ellos los campesinos se veían libres para hacer la revolución: los terratenientes eran expropiados de sus tierras, las cuales eran colectivizadas, se abolía la propiedad privada y se instauraba el comunismo libertario. En noviembre de aquel año marchó a Madrid con su columna a contener la ofensiva de las tropas sublevadas.